1. ANIMALETTI PERICOLOSI (MORE TRIBBLES, MORE TROUBLES)

L'Enterprise è assegnata come scorta a due navi container che trasportano grano sul pianeta Sherman colpito da carestia. Durante il viaggio viene intercettato un incrociatore klingon che insegue e attacca una piccola nave scout.
Kirk salva il pilota della nave che, col disappunto di tutti, si rivela essere Cyrano Jones famoso commerciante e truffatore. Cyrano ha con sé una piccola colonia di tribli, modificati geneticamente, e qualcos'altro che il comandante della nave klingon vuole a tutti i costi.

2. IL TOCCO VULCANICO (THE INFINITE VULCAN)

All'Enterprise viene ordinato di sorvegliare un nuovo pianeta ai confini della Galassia. Il pianeta sembra non avere vita intelligente, ma quando Sulu, in fin di vita a causa della puntura di una pianta velenosa, viene salvato da esseri vegetali, le cose cambiano.

3. VIAGGIO A RITROSO NEL TEMPO (YESTERYEAR)

L'Enterprise è in orbita attorno al Time Planet con lo scopo di assistere una squadra dell'Istituto Galattico di Storia che sta compiendo delle ricerche storiche.
Kirk e Spock attraversano il Guardiano del Sempre e al loro rientro nessuno riconosce Spock. In questa linea temporale, l'ufficiale dell'Enterprise risulta essere l'Andoriano Thelin.

4. OLTRE LA PIÙ LONTANA STELLA (BEYOND THE FARTHEST STAR)

In missione per tracciare nuove mappe stellari, l'Enterprise viene attratta dal potente campo gravitazionale di un asteroide da cui proviene anche una misteriosa fonte di segnali radio. Una volta in orbita attorno all'asteroide, Spock scopre che le emissioni radio provengono da un'astronave abbandonata da 300 milioni di anni.
Un gruppo comandato da Kirk approda sull'astronave per indagare lo strano fenomeno.

5. IL SUPERSTITE (THE SURVIVOR)

Durante una ricognizione nei pressi della zona neutrale romulana, l'Enterprise cambia rotta per soccorrere una navicella monoposto. Dalla navicella viene salvato Carter Winston noto benefattore disperso ormai da cinque anni, le sue credenziali vengono confermate dal computer di bordo ma le analisi mediche rilevano qualcosa di anomalo.

6. IL SEGNALE DI LORELEI (THE LORELEI SIGNAL)

L'Enterprise si sta dirigendo verso una zona dello spazio dove negli ultimi 150 anni sono scomparse numerose astronavi. Arrivati sul posto, Uhura rileva un segnale proveniente dal sistema Taurean che sembra influenzare negativamente il sistema nervoso maschile.

7. È SCOMPARSO UN PIANETA (ONE OF OUR PLANET IS MISSINO)

L'Enterprise viene inviata verso la costellazione Pallas XIV per indagare su una nube in movimento che minaccia il pianeta abitato Mantilles. La Nube, composta da materia ed energia, ha appena inglobato il pianeta Alondra e lo sta distruggendo, Kirk avvisa il governatore di Mantilles Bob Wesley, il quale decide di evacuare il pianeta. L'Enterprise, avvicinatasi per fare ulteriori analisi, viene a sua volta inghiottita dalla nube.

8. IL FILTRO DI MUDD (MUDD'S PASSION)

L'Enterprise si sta avvicinando al sistema stellare Arcadian per localizzare una vecchia conoscenza di Kirk sul pianeta Arcadia III, Harry Mudd. Mudd sta tentando di vendere un filtro magico d'amore ai minatori del luogo ma viene smascherato da Kirk. Interrogandolo sull'Enterprise, si scopre che è fuggito dal pianeta dei robot con una navicella rubata, per poi tentare di vendere l'Accademia della Flotta su Llyra VI e infine avvelenare la popolazione di Sirio IX con la pozione dell'eterno amore.
Confinato nei propri alloggi, convince Christine Chapel a usare un cristallo d'amore su di sé provocandole un capogiro e riuscendo così a scappare. Mudd non sa però che la pozione funziona davvero.

9. LE MAGIE DI MEGAS-TU (THE MAGICKS OF MEGAS-TU)

Indagando sulle cause che hanno originato la Galassia, l'Enterprise si dirige verso il nucleo galattico, qui viene colpita da fenomeni straordinari che bloccano tutte le apparecchiature. La comparsa di Satana fa capire come l'ordine delle cose siano qui regolate solo dalla Magia.

10. LA TRAPPOLA DEL TEMPO (TIME TRAP)

L'Enterprise viene inviata nel Triangolo Delta, un settore della galassia dove sono sparite molte navi, con la missione di indagare sulle sparizioni. Giunta sul posto, viene attaccata da un incrociatore klingon di classe Klolode, il Klothos, capitanata dal Comandante Kor. L'Enterprise risponde al fuoco, ma improvvisamente il Klothos scompare.
Altre due navi klingon vengono a dar man forte a Kor, il Comandante Kuri accusa Kirk di aver distrutto il

11. L'ARMA DEGLI SLAVERS (SLAVER WEAPON)

Spock, Uhura e Sulu sono in missione con lo shuttle Copernicus per trasferire alla Base Stellare 25 un rarissimo manufatto chiamato cubo stasi appartenente alla civiltà scomparsa degli Slaver, ma, mentre attraversano il sistema Beta Lyrae, il cubo stasi incomincia ad emettere luce rilevando la presenza in zona di un altro cubo stasi. L'eccezionalità della scoperta induce Spock ad iniziare le ricerche, ma atterrati su un asteroide di ghiaccio e ormai vicini a scoprire il secondo cubo stasi, i nostri vengono attaccati dai bellicosi Kzinti.

12. GUERRA SANTA (JIHAD)

Un messaggio di massima sicurezza ordina all'Enterprise di incontrarsi con un asteroide Vedalan, il mezzo con cui i Vedala, un antichissimo popolo di viaggiatori, si spostano per la galassia. Kirk e Spock, scesi sull'asteroide, vengono presentati a Tchar, il principe ereditario degli Skorr.
Lo scopo della missione è di recuperare i pensieri dell'antico profeta Alar, prima che il popolo guerriero degli Skorr, scoperto il furto, scateni una Guerra Santa in tutta la galassia.

13. PIANETA SUBACQUEO (THE AMBERGRIS ELEMENT)

L'Enterprise è in orbita intorno al pianeta Argo, una volta costituito da ampie superfici emerse, ora completamente sommerso dalle acque del mare a causa di ampi movimenti tettonici. Lo scopo della missione è di studiare il fenomeno per poterlo prevenire su altri pianeti abitati.
La missione di sbarco, provvista di una navetta-sottomarino, viene attaccata da un essere enorme che distrugge la navetta. Kirk e Spock, dispersi ormai da 5 giorni, vengono ritrovati trasformati geneticamente per poter vivere nell'acqua.

14. C'ERA UNA VOLTA UN PIANETA (ONCE UPON A PLACET)

L'Enterprise è in rotta verso il pianeta visto in Shore Leave nel settore Omicron Delta per un meritato periodo di riposo. Al primo gruppo di sbarco si aggregano Uhura,Sulu e McCoy che con piacere rivede Messer Coniglietto inseguito da Alice, quindi apparentemente nulla è cambiato dall'ultima volta.
Improvvisamente McCoy viene attaccato dalle guardie della Regina di Cuori e, allarmato, si fa teletrasportare sull'Enterprise insieme al suo gruppo, ma all'appello manca Uhura. Kirk decide di scendere sul pianeta alla ricerca di Uhura e per chiedere spiegazioni al Guardiano del Parco ma, seguendo strane indicazioni, giungono ad una lapide che commemora proprio il Guardiano.

15. L'AVVENTURA SU TERRATIN (THE TERRATIN INCIDENT)

L'Enterprise si sta avvicinando ai resti della supernova Arachnae per aggiornare i dati relativi alle radiazioni emesse. Ma la trasmissione verso la base stellare 23 viene disturbata da una sequenza di segnali ripetitivi provenienti dal sistema Cephenes. Kirk decide di indagare e dirige l'Enterprise verso la fonte dei segnali, ma giunti sul posto vengono investiti da un raggio sconosciuto proveniente dall'unico pianeta del sistema che fonde i cristalli di dilitio della nave. L'Enterprise non è più in grado di muoversi, e in più sta succedendo un fenomeno molto strano: tutti si stanno rimpicciolendo. Ancora poche ore e saranno tanto piccoli che nessuno sarà più in grado di svolgere il proprio compito.

16. CON GLI OCCHI DELLO SPETTATORE
(THE EYE OF THE BEHOLDER)

L'Enterprise è in orbita attorno al pianeta Lactra VII nei pressi di Epsilon Scorpii per ritrovare i sei membri di una missione scientifica misteriosamente scomparsa. La nave scout della missione scientifica viene trovata abbandonata in orbita al pianeta con un ultimo messaggio disperato di Louis Markel, un ufficiale membro della missione, che decide di teletrasportarsi sul pianeta alla ricerca dei suoi compagni scomparsi.
Nonostante la situazione di pericolo, Kirk decide di andare alla ricerca dei dispersi, ma, giunto sul pianeta con il gruppo di sbarco, la vista dell'insolita varietà di flora e di fauna incomincia a insospettirlo.

17. IL COMANDANTE BEM (BEM)

L'Enterprise deve verificare una possibile presenza di vita sul pianeta Delta Theta III; per questa missione ha a bordo come osservatore indipendente un membro di una specie contattata di recente: il Comandante Ari bn Bem del pianeta Pandro. Sembra un lavoro di routine ma Bem non fa altro che ostacolare Kirk e il gruppo di sbarco, a complicare le cose sul pianeta compare uno strano campo stasi che sembra proteggere gli indigeni da ogni intrusione.

18. L'AURORA CHE UCCIDE (ALBATROSS)

Dopo aver sbarcato approvvigionamenti medici sul remoto sistema Dramia, Kirk si congeda dal Supremo Prefetto, che improvvisamente richiede gli venga consegnato McCoy in quanto è accusato dell'assassinio di centinaia di Dramiani a causa di un programma di vaccinazione errato di 19 anni prima. Kirk, avvisato il Comando Flotta, non può far altro che consegnare McCoy, ma incomincia subito le indagini e scopre che l'epidemia ebbe inizio su Dramia II, pianeta ormai abbandonato. L'Enterprise si dirige allora verso Dramia II e, sbarcati sul pianeta, i nostri incontrano Kol-tai, l'unico superstite dell'epidemia e l'unico testimone in grado di scagionare McCoy.

19. I PIRATI DI ORIONE (THE PIRATES OF ORION)

L'epidemia di coriocitosi che ha interessato l'Enterprise è sotto controllo ma, nonostante le precauzioni, viene contratta anche da Spock. L'unica cura è la strobolina, un elemento naturale che si trova su Canopos II. Nelle vicinanze c'è la USS Potemkin che consegna il prezioso carico a un cargo che però non giunge all'appuntamento per la consegna.

20. IL COMPUTER SI DIVERTE (PRACTICAL JOKER)

L'Enterprise è in missione per un'indagine geologica su un esteso campo di asteroidi ai confini della zona controllata dalla Federazione. Quando le ricerche stanno per concludersi, l'Enterprise viene avvicinata da tre navi da guerra romulane che, improvvisamente, aprono il fuoco.
Kirk chiede spiegazioni al comandante delle navi attaccanti e questo lo accusa di aver oltrepassato i confini dell'Impero Romulano violando così i trattati. Kirk, in inferiorità numerica, non rischia il confronto e si ritira, ma sulla rotta di ritorno l'Enterprise è costretta ad attraversare un campo di energia non identificato.

21. È PIÙ TAGLIENTE DI UN MORSO DI UN SERPENTE
(HOW SHARPER THAN A SERPENT'S TOOTH)

L'Enterprise sta tentando di individuare le origini di una sonda misteriosa che si sta avvicinando ai pianeti della Federazione. Dopo aver esplorato il sistema Solare e aver inviato una trasmissione la sonda si autodistrugge.
Spock subito dopo rileva la presenza diun'astronave aliena che segue le tracce della sonda distrutta, ma giunta nel campo visivo dell'Enterprise non viene identificata a causa del potente campo di forza che la protegge. Improvvisamente il campo di forza si tramuta in un serpente alato che il timoniere Walking Bear di origini nord americane riconosce come Kukulkan, Dio di un'antica leggenda Azteca.

22. UNIVERSI PARALLELI (THE COUNTER-CLOCK INCIDENT)

L'Enterprise è in rotta verso Babel dove gli ambasciatori di tutta la Federazione attendono di rendere onore al Commodoro Robert April che, all'età di 75 anni, si ritira dal servizio attivo. Durante il viaggio, nel tentativo di salvare un'astronave in rotta di collisione verso la Super Nova Beta Niobe, l'Enterprise viene scagliata in un universo parallelo in cui il tempo scorre al contrario.